由于蛋白质组学具有在翻译后修饰蛋白定性定量以及允许在整体、动态、网络的水平上对蛋白质进行研究的强大优势，现在已经是生命科学领域的一项常规技术。蛋白组学也不再是冷门技术，然而很多同学在实验操作或数据分析上仍然会遇到一些问题。今天，丁香实验整理了常见的蛋白组学注意事项等四类常见实验问题，助你360度无死角清空蛋白组学问题！学习开始前，告诉大家一个好消息！现在提问即可获得好礼！本次丁香实验联合赛默飞实验室产品和服务业务开展「飞」常实验家系列栏目，本期专门开放「蛋白组学」领域问答活动，更有机会获得蓝牙耳机、保温杯、加湿器等 140 份精美好礼（包邮）。即日起至 8 月 26 日，只要是蛋白组学相关问题，我们都将提供专业解答，点击下方图片参与活动， 140 份好礼免费领。活动规则 （向上滑动阅览）提组学实验相关问题，免费领小米蓝牙耳机、保温杯、加湿器、丁香园鼻子纸～1、活动时间：即日起～8.262、活动规则：①提交真实的组学实验相关问题，并且通过审核，在前台发布，视为成功参与②按照提问通过审核的个数，发放对应奖励。-前 100 名有效提问 1 个：可获得丁香园鼻子纸 1 份-前 30 名有效提问 2 个： 可获得加湿器 1 个-前 3-10 位有效提问 3 个： 可获得可可保温杯 1 个-前 2 位有效提问 3 个： 可获得小米蓝牙耳机 1 个备注：以上礼品不累加、同一手机用户不重复获奖③通过审核，符合奖励发放要求的，活动结束后 21 个工作日内统一邮寄。3、发布提问步骤：在丁香实验小程序首页点击底部的蓝色按钮「我要提问」输入想问的组学实验相关问题，选择任意实验栏目，勾选「提问组学问题赢蓝牙耳机」活动，点击提交问题。蛋白组学实验常见问题四步走研究流程一个实验在开展前知道总共需要走多少步才可以走的更好更稳，一般的蛋白质组学研究主要有以下几个步骤：蛋白质组学研究一般流程图数据分析蛋白组学数据的分析通常涉及多个步骤和方法。以下是一般的蛋白组学数据分析流程的一些常见步骤：数据预处理：包括数据清洗、峰识别、背景校正等。这些步骤有助于减少噪声和非特异性信号，提高数据质量。蛋白鉴定和定量：通过比对实验数据和数据库（如 UniProt）中的蛋白质序列信息，确定鉴定出的蛋白质。常见的鉴定方法包括谱库搜索、数据库搜索、比对引擎等。定量方法可以使用标记的（如 TMT、iTRAQ）或非标记的（如 SILAC、Label-free）方法。数据统计和差异分析：对鉴定和定量的蛋白质进行统计分析，识别在不同条件下表达量显著变化的蛋白质。常用的差异分析方法包括 t 检验、ANOVA、Wilcoxon 秩和检验等。功能注释和富集分析：将鉴定出的蛋白质进行功能注释，包括 GO 注释、通路富集分析等，以了解蛋白质的功能和相关生物过程。蛋白网络分析：构建蛋白质相互作用网络，分析蛋白质间的相互关系，发现关键的功能模块和调控网络。数据可视化：使用图表、热图、网络图等方式，将分析结果可视化，以便更好地理解和解释蛋白组学数据。需要根据具体的实验设计和数据类型选择合适的分析方法和工具。在进行蛋白组学数据分析时，建议参考文献和使用常见的蛋白组学数据分析软件和工具，如 MaxQuant，Proteome Discoverer, Perseus, R 包（如 DESeq2，limma）等。研究思路知道流程也会数据分析也不知选择何种研究策略？以下三种研究思路可供参考：一、蛋白质组学 + 差异蛋白● 蛋白质组学检测● 筛选差异蛋白进行表达量验证● 分析差异蛋白，对差异蛋白进行 GO 和 KEGG 分析二、蛋白质组学 + 代谢组学● 蛋白质组学和代谢组学检测● 分析差异蛋白，对差异蛋白进行 GO 和 KEGG 分析；分析差异代谢物，对其进行 KEGG 分析● 蛋白质组 + 代谢组数据整合● 对关键通路中的蛋白进行验证三、蛋白质组学 + 细胞/动物实验● 蛋白质组学检测● 分析差异蛋白，对差异蛋白进行 GO 和 KEGG 分析● 筛选差异蛋白进行表达量验证● 对验证过的差异蛋白进行表达量干扰● 细胞学实验/动物学实验注意事项同时，在进行蛋白组学研究时，需要注意以下事项：样品的质量和纯度：污染物或其他非目标蛋白质可能会干扰分析的准确性和灵敏度。在采集、处理和保存样品时，需要严格控制污染、避免蛋白质的降解和氧化，并采用适当的方法和技术提高样品的纯度和稳定性。实验设计和样品处理：需要确保研究结果的可靠性和重复性。选择适当的样品处理方法、优化蛋白质提取和分离条件、使用合适的蛋白质标记技术等，以最大程度地提高蛋白质的检测灵敏度和特异性。数据分析和解释：选择适当的数据分析软件和方法，处理和解释蛋白质鉴定和定量数据，比如聚类分析、富集分析、功能注释等。标准化和验证：蛋白组学研究需要遵循一定的标准化流程和质量控制措施，需要使用多个方法验证蛋白质的鉴定和定量结果，以确定结果的可靠性。再次提醒大家，不管你是初入实验室的实验新手，还是经验丰富的师兄师姐，只要在蛋白质组学方面遇到了问题，都可以抛到丁香实验平台上。科研提问活动 · 蛋白质组学专场如果你最近也在蛋白质组学样本制备、低丰度蛋白检测、质谱鉴定、数据分析……等等蛋白质组学相关科研实验中遇到了问题！那么，更不要错过这个机会啦，不要忘记，在图片活动期间，在丁香实验平台上，抛出你的实验问题，就可以获得由赛默飞赞助的科研好礼哦！内容策划：潘成内容审核：吴军题图来源：图虫创意
